bob干货——蛋白组学研究常用数据库分享

发布时间:2020-03-12 11:11     文章来源:未知     作者:bobapp登陆生物

蛋白质组学产生于20世纪90年代,是以生物体的全部或部分蛋白为研究对象,研究一个生物、一个细胞(组织)或基因组的蛋白质的变化规律的一门学科。
蛋白质组学能够在整体水平上研究蛋白质的表达、调控的水平和规律,目的是了解蛋白质间的联系与相互作用,为生命活动规律提供理论和物质基础,为人类的健康带来理论依据和解决方案。
随着学科的逐步发展,蛋白质组学的研究内容也在不断更新与完善。小编今天呐给大家介绍一些在蛋白学研究过程中常用的数据库,以期在大家进行蛋白组学数据处理时有所帮助。

1.UniProt(The Universal Protein Resource)

网址:www.uniprot.org

简介:提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰等,同时提供其他数据库,包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接

2.PIR(Protein Information Resource)

网址:pir.georgetown.edu

简介:与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用,可提供及时的、高质量、最广泛的注释

3.BRENDA(Enzyme database)

网址:www.brenda-enzymes.org

简介:酶数据库,提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据

4.CORUM(Collection of experimentally verified mammalian protein complexes)

网址:https://mips.helmholtz-muenchen.de/corum/

简介:哺乳动物蛋白复合物数据库,提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等

5.CyBase(Cyclic protein database)

网址:http://research1t.imb.uq.edu.au/cybase

简介:环状蛋白数据库,提供环状蛋白的序列、结构等数据,提供环化蛋白预测服务

6.OKCAM

网址:http://okcam.cbi.pku.edu.cn

简介:人体细胞粘附分子数据库

7.GELBANK

网址:http://gelbank.anl.gov

简介:提供全基因组的二维凝胶电泳图谱,搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索

8.SWISS-2DPAGE

网址:http://www.expasy.org/ch2d/

简介:提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图

9.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)

网址:http://pimp.starflr.info/

简介:通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库

10.Sys-BodyFluid

网址:http://www.biosino.org/bodyfluid/

简介:人体体液蛋白组研究数据库

11.DB-PABP

网址:http://pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP/

简介:聚阴离子结合蛋白数据库

12.IUPHAR-DB

网址:http://www.iuphar-db.org

简介:G蛋白偶联受体、离子通道数据库

13.GLIDA

网址:http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/

简介:G蛋白偶联受体-配体数据库

14.LOCATE

网址:http://locate.imb.uq.edu.au/

简介:哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库

15.InterPro

网址:http://www.ebi.ac.uk/interpro/

简介:蛋白质综合数据库,从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库

16.ConsensusPathDB

网址:http://cpdb.molgen.mpg.de

简介:人类功能作用网络数据库,提供蛋白质互作、生化反应、基因调控等作用网数据

17.Proteome Analysis Database

网址:http://www.ebiac.uk.proteome/

简介:蛋白质组分析数据库

18.HPRD(Human Protein Reference Database)

网址:http://www.hprd.org/

简介:人体蛋白文献数据库

19.STITCH

网址:http://stitch.embl.de/

简介:蛋白质-化合物作用网数据库

20.Reactome

网址:http://www.reactome.org

简介:人体生命活动路径与过程数据库,提供生化过程网络图,并对参与其中的蛋白质分子有详细注解

21.NOPdb

网址:http://www.lamondlab.com/NOPdb3.0/

简介:核仁蛋白组数据库

22.3DID(3D interacting domains)

网址:http://3did.irbbarcelona.org

简介:搜集3D结构已知的蛋白质的互作信息

23.DOMINE

网址:http://domine.utdallas.edu

简介:结构域互作数据库

24.PiSite(Database of Protein interaction sites)

网址:http://pisite.hgc.jp

简介:以PDB为基础,在蛋白质序列中搜寻互作位点

25.Pfam

网址:http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam

简介:提供多序列比对服务和并提供共同的蛋白质结构域的隐马尔可夫模型

26.InterPreTS(Interaction Prediction through Tertiary Structure)

网址:http://www.russell.embl.de/cgi-bin/interprets2

简介:提供通过三级结构预测蛋白质相互作用的服务,可输入两个蛋白质的序列信息进行查询

27.Predictome

网址:http://predictome.bu.edu

简介:预测蛋白质间功能关系的数据库

28.PDB(Protein Data Bank)

网址:http://www.rcsb.org/pdb

简介:生物大分子结构数据库

29.SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)

网址:http://sarst.life.nthu.edu.tw/

简介:高效的蛋白质结构比对数据库

 

好了,今天的推荐就到这里,感兴趣的小伙伴们收藏起来吧~

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